2010年11月30日，记者从山西省考古研究所获悉，在配合世界文化遗产大同云冈石窟顶部的防渗水工程中，山西省考古工作者在云冈石窟顶部新发现了一处寺庙遗址。经负责该发掘项目的省考古研究所书记、研究员张庆捷进一步确认，这是一个北魏寺庙遗址，是北魏云冈寺院的重要组成部分，它的发现有助于了解北魏云冈寺院的结构、布局和范围，对了解和研究云冈山顶寺庙建筑有着非常重要的意义。
新发现的云冈石窟顶部北魏寺庙遗址，位于云冈石窟顶防渗水工程一区南部，遗址的地层分为现代层、明清层、辽金层和北魏文化层。其中，北魏文化层残存了一组较完整的寺庙遗迹，具体有北房、东房、西房、南房、塔基和砖瓦窑遗迹。在北房建筑遗迹中部，有两间辽金建筑遗迹叠压于北魏北房遗迹之上。这次出土的遗物主要是北魏建筑材料，残瓦最多，初步统计板瓦块大约为180000块，筒瓦块约为30000块，还有“传祚无穷”文字瓦当和不少带釉板瓦，也有少量北魏器物陶片，在一片北魏陶器上有“四窟”戳印。另外还发现了一些石质佛像和供养人残片。
目前发掘工作已结束，国家文物局组织的专家论证会认为，这个遗址非常重要，是早期以塔为中心的塔院式建筑，呼吁有关部门一定要科学合理地保护和利用这个遗址，为世界文化遗产地增添新的内容。